椎间小关节错位往往是与软组织损伤同时发生而发展的，以椎间盘退变，脊椎周围肌肉相对紧张或松弛以及韧带、关节囊、筋膜等软组织慢性劳损或损伤变性（纤维化、钙化、粘连、结疤和挛缩），使椎间关节的力学平衡失调，而发生椎间小关节错位的情况最为常见。
此外，由于先天性畸形或炎症等因素，使关节失稳，在一定的诱因作用下，也易发生椎间小关节错位，其诱因主要有：轻微扭伤，过度疲劳，工作或睡眠姿势不良，感受风、寒、湿、邪内分泌失调和内脏疾病等，一般情况下活动度大的颈椎、腰椎小关节移位的幅度可能稍大些，活动度较少的胸椎及骶髂关节移位较小，椎间盘突出也可视为椎间关节移位的特殊形式。
椎间小关节发生微小移位将直接或间接地对脊神经根、椎动脉、脊髓或交感神经造成卡压和刺激，从而引起相关器官的征象或功能障碍，因此椎间小关节错位是脊柱相关疾病的主要病因之一。
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